기업부설연구소 설립은 기준에 부합하는 연구 시설과 연구 전담 요원 정보를 바탕으로 한국산업기술진흥협회에 신청서를 제출하면 쉽게 연구소 또는 연구전담부서로 쉽게 인정 받을 수 있었다.

일단 기업부설연구소로 승인이 났다면 정부자금 지원우대(세액공제, 금융지원, 인력지원)와 지방세 감면 등 다양한 혜택을 제공 받을 수 있기에 많은 중소기업들이 ‘기업부설연구소 지원제도’를 법인세 절감 목적으로 활용하고 있다.

문제는 기업부설연구소의 사후관리에 있다. 기업부설연구소 사후관리는 현지실사를 통해 평가되며, 이때 연구활동이 중지되었거나 인증 요건을 충족하지 못하여 연구소 인증이 취소되는 사례가 발생하고 있다. 2016년에만 1,000여개의 기업부설연구소가 인증 취소 처리되었는데, 기업부설연구소는 인증 이후 사후관리가 더 중요하다.

기업부설연구소 인증전문기업에 위탁하여 설립을 의뢰할 경우, 받드시 사후관리가 가능한 업체인지 확인을 해야 ‘탈세 조사’로부터 자유로울 수 있다. 중소기업개발원은 3500여건의 실전 사례를 바탕으로 기업부설연구소 설립, 인증, 사후관리, ‘인증 취소 위기에 처한 중소기업’을 위한 무료상담을 제공하고 있다.